驻守在龙江的朱棣，突见奉天殿方向起火，赶忙率军入宫，魏国公徐辉祖率军抵抗，徐辉祖不敌，败下阵来。徐辉祖痛哭流涕：“太祖皇帝，江山就要易主了，臣有心抗燕，却已无力回天，臣对不起太祖皇帝。”徐辉祖哭罢，独自一人去了父祠，直至朱棣登基为帝，徐辉祖都在父祠当中不肯出来谒拜朱棣，朱棣一怒之下将徐辉祖关押在了天牢，幸有令仪为自己的长兄求情，才令其返回私宅，得以善终。

朱棣打败了徐辉祖，便带兵匆匆奔向奉天殿，待朱棣赶到奉天殿，便急令宫人、亲兵救火。朱棣见袁忠坐在地上哭泣，便走上前去，“袁公公，允炆去了哪里？”袁忠起身给朱棣施礼，“好多时日不见四殿下，不知四殿下可好？”“还好，袁公公身体也还康健？”袁忠点了点头，“托四殿下的福，老奴也还好。时光荏苒，昔日四殿下在御花园玩耍之情景真是恍如昨日。”“是啊，记得二哥、三哥欺负本王与老五，都是袁公公偷偷找来大哥来护着我兄弟二人。”袁忠眼中泛着泪光，“老奴此生都周旋在殿下母子与太祖爷孙之间，既不能负了太祖，也不能负了碽妃。既要遵照太祖遗训，又要保你兄弟无恙，老奴好生为难。今日四殿下带兵入宫，老奴心中五味杂陈，不知是喜是忧。”朱棣此刻全然没有一点心思听袁忠说这些，只是焦急地询问着：“袁公公，允炆去了哪里？”袁忠指着火还未灭的奉天殿，“陛下就在这火海之中。”朱棣看了看火还未灭的奉天殿，半信半疑地说道：“袁公公向来最为忠厚，从不说谎。”“火灭之后，四殿下亲看。”

朱棣还是半信半疑，待奉天殿的火灭了，整座大殿几乎烧成了灰烬，朱棣急忙率领亲兵走到这废墟中间来，亲兵在废墟中找到一具尸身，那尸身已烧得面目全非，尸身腰间玉带上的玉饰还清晰可辨。袁忠见马皇后死得如此凄惨，不由得潸然泪下，可又不能说出这尸身是谁，只得跪在尸身前哭喊着：“陛下......陛下......”朱棣一把拉过袁忠，“这是谁的尸身？”袁忠哭泣着，“四殿下不见那是陛下的玉带？”朱棣冷冷说道：“允炆身长七尺，这尸身哪有七尺？”袁忠被朱棣的话惊住了，袁忠很是了解朱棣，他深知朱棣文韬武略，聪慧异常，朱棣既已从尸身的长短起了疑，便绝不会相信朱允炆已死。

正在此时，朱能走上前来，“殿下，这不是皇后的燕居冠？”朱棣从朱能手中拿过燕居冠，拂去冠上的灰烬，“可找到皇后的尸身？”朱能答道：“整座奉天殿就这一具尸身。”朱棣转身问袁忠：“皇后的燕居冠应在坤宁宫，而不该在奉天殿，看这尸身的长短，莫不是马皇后？”袁忠抬起头来，凝视着朱棣，说道：“四殿下何必如此？四殿下既然还记得昔日懿文太子百般呵护于你，如今又何必计较他的儿子身长几尺？”“本王只是想知道允炆的下落而已。”袁忠见朱棣还是不肯罢休，便问道：“四殿下起兵为何？若陛下还在，难不成四殿下清君侧之后依照组训，收兵于营，朝天子而还？陛下驾崩既是成就四殿下的最好结果，四殿下还何必追究允炆何处？”朱棣听罢，沉默半晌，突然对着尸身哭泣道：“傻小子，你何故如此。皇四叔来替你铲除奸佞，你却被奸臣蛊惑，白白送了性命。”

过了几日，宁王朱权率诸王及群臣劝谏朱棣：“国不可一日无君，建文帝受奸人蛊惑葬身火海，二位嫡出皇子又下落不明。诸王之中，只有燕王殿下年龄最长，威望最高。请殿下为大明江山社稷着想，即位为帝。”朱棣故作推脱：“本王奉天靖难，只为清除君侧，待擒获黄子澄、齐泰等奸臣，本王便收兵而还。”诸王及群臣又再劝谏：“请殿下为大明江山社稷着想，殿下为太祖高皇帝与孝慈高皇后嫡子，理应挽大明于危难。请殿下先即位再除奸臣。”宁王朱权及群臣苦苦劝进四天，朱棣终于答应登基为帝，随即派人到北平接来了燕王府中的亲眷。